Trong hệ thống mẫu biểu theo thông tư 28 và ứng dụng phần mềm hỗ trợ kê khai thuế HTKK theo thông tư 28, từ mẫu 01/TNDN đến mẫu số 06/TNDN là tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính. Cách kê khai cho từng tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính- mẫu 0x/TNDN như sau:
Mẫu biểu kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính:

- Tờ khai thuế TNDN tạm tính mẫu số 01A/TNDN dành cho NNT khai theo thu nhập thực tế phát sinh;
- Tờ khai thuế TNDN tạm tính mẫu số 01B/TNDN dành cho NNT khai theo tỷ lệ TNCT trên doanh thu;
- Phụ lục tính nộp thuế TNDN của doanh nghiệp có các cơ sở hạch toán phụ thuộc mẫu số 05/TNDN nếu có các cơ sở hạch toán phụ thuộc tại các tỉnh/TP trực thuộc TW khác trụ sở chính;
Lưu ý khi kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính:

- DN chỉ được chọn một trong hai hình thức kê khai thuế TNDN tạm tính quý và ổn định trong cả năm;
- Trường hợp DN năm trước bị lỗ hoặc DN mới thành lập thì khai thuế TNDN tạm tính quý theo mẫu 01A/TNDN;
- Chuyển lỗ:
+ Khai số lỗ được chuyển khi tính thuế TNDN tạm tính quý. Số lỗ được chuyển bao gồm số lỗ những năm trước chuyển sang và số lỗ của các quý trước trong cùng năm tính thuế;
+ Chỉ được tính chuyển lỗ khi khai thuế TNDN tạm tính khi khai thuế TNDN tạm tính theo mẫu số 01A/TNDN.
- Số thuế TNDN dự kiến được miễn giảm (chỉ tiêu [31] TK 01A, chỉ tiêu [30] TK 01B): NNT tự xác định theo các điều kiện ưu đãi được hưởng và khai vào chỉ tiêu này.
Tỷ lệ TNDN chịu thuế trên doanh thu (chỉ tiêu [24] TK 01B/TNDN): lấy theo tỷ lệ của năm trước liền kề. Nếu cơ quan thuế đã thanh tra, kiểm tra xác định thu nhập chịu thuế, doanh thu khác với số của doanh nghiệp thì xác định theo số liệu kết luận thanh tra, kiểm tra.
Khai phụ lục phân bổ thuế TNDN mẫu 05/TNDN:

- Lập Bảng phân bổ này sau khi đã tính và hoàn thành việc kê khai thuế TNDN tạm nộp theo Tờ khai thuế TNDN tạm tính mẫu 01A/TNDN hoặc 01B/TNDN
- Nếu có số thuế TNDN phát sinh tạm nộp thì mới lập Bảng phân bổ.
- Bảng phân bổ được gửi cho CQT nơi có trụ sở chính (kèm theo Tờ khai thuế TNDN tạm tính hàng quý) và gửi cho CQT nơi có cơ sở phụ thuộc;
- Khai chi tiết các thông tin doanh nghiệp đối với trụ sở chính và các cơ sở sản xuất phụ thuộc: địa phương, tên, mã số thuế…
- Chỉ khai các chỉ tiêu ở cột Quý tương ứng với Tờ khai;
- Tỷ lệ phân bổ:
+ Là tỷ lệ % chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc/tổng chi phí của doanh nghiệp;
+ Số liệu để xác định tỷ lệ chi phí do DN tự xác định căn cứ vào quyết toán thuế TNDN của năm trước liền kề năm tính thuế;
- Doanh nghiệp đang hoạt động có cơ sở hạch toán phụ thuộc ở các địa phương => số liệu xác định căn cứ vào quyết toán thuế TNDN năm 2008 và tỷ lệ này được sử dụng ổn định từ năm 2009 trở đi;
- Doanh nghiệp mới thành lập, có thay đổi (mở rộng, thu hẹp) cơ sở hạch toán phụ thuộc ở các địa phương thì doanh nghiệp phải tự xác định tỷ lệ chi phí cho kỳ tính thuế đầu tiên và tính ổn định cho các kỳ tiếp sau;
Khi quyết toán thuế TNDN năm, xác định số thuế còn phải nộp cũng dựa trên tỷ lệ phân bổ cho trụ sở chính và cơ sở hạch toán phụ thuộc; tính số thuế phải nộp trừ đi số đã tạm nộp cho từng địa phương.